Il presbiterio, delimitato anteriormente da balaustre con colonnine, conteneva il monumentale altare maggiore nella conca absidale, mentre ai lati il coro ligneo, con due scanni episcopali a ambone-leggio e l'organo;
sulle pareti absidali alcuni affreschi monocromatici, opera (1820) del pittore Francesco La Farina, rappresentanti storie bibliche (Antico Testamento, ma in corrispondenza simbolica con il Nuovo Testamento);

nella parete destra:

• il serpente di bronzo sull'albero per la salvezza di coloro che nel deserto, avendo mormorato contro Dio e Mosè, hanno ricevuto il castigo dei serpenti;

verso l'altare,

• la morte di Mosè sul monte Nebo;

nella parete sinistra:

• Mosè che fa sgorgare l'acqua dalla roccia;
• gli esploratori della Terra Promessa che ritornano attraverso il deserto con un gigantesco grappolo d'uva, portato a spalla;

nel catino absidale:

• il vitello d'oro innalzato agli Dei nel deserto (affresco artisticamente riuscito);
• inoltre, erano rappresentati Mosè salvato dalle acque e l'incontro di Giacobbe con la cugina Rachele al pozzo e altre scene minori.

Nell'Altare del SS. Crocifisso (abside navata sinistra) erano raffigurati :

• il sacerdote Melchisedech che compie il sacrifio del pane e del vino ed Elia che riceve il pane dell'Angelo;

mentre nella cappella della Madonna (Abside destra):

• due episodi del vecchio Testamento;
• due figure di Maria Santissima;
• Giuditta ed Ester.